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Juan Ignacio Sills nació en San Antonio de Areco, Provincia de Buenos Aires, el 04 de mayo de 1987.

Jugó infantiles y divisiones inferiores en Club San Patricio de San Antonio de Areco , fue a acompañar a un amigo para probarse en Vélez Sársfield , el también se probó y fue aceptado por el club. Formado en las divisiones juveniles del Vélez Sársfield , Inicio su carrera internacional y profesional en el año 2008 cuando este club lo cedió en calidad de préstamo a la Liga Deportiva Alajuelense de la primera división de Costa Rica. Regresó a Vélez en el 2009. En julio de 2010 hizo su primer entrenamiento de pretemporada con el primer equipo de Vélez. Sin embargo sufrió lesión de ligamento cruzado en una de sus rodillas, la misma le hizo perder todo el torneo Apertura 2010. Ya en el año 2011, tuvo mayor participación en el plantel de primera división, llegando a ser tenido en cuenta para ser titular en algunos cotejos del ámbito local, y viajar con la delegación titular a los partidos internacionales. Con Velez obtuvo el Campeonato Clausura 2011 . Luego de que finalizara el torneo Apertura 2011 , fue cedido a préstamo al club Instituto de Córdoba , donde jugó todo el torneo 2012.

El 2 de julio de 2013, es presentado en el club Universidad de Chile , donde luego se le convoca para todos los siguientes partidos del club. En 2014 vuelve a la Argentina y ficha para Olimpo, donde participa de 43 encuentros hasta mediados del año 2016.

En el segundo semestre del 2016 es solicitado por Diego Osella (ex DT de Olimpo) para que forme parte de los refuerzos rojinegros. El 17 de Agosto ficha para la lepra quien compra la mitad de su pase.

En 2018 renueva contrato con Newell's Old Boys por el término de un año.